Les cyclones fréquents et l'activité volcanique constituent une menace constante pour la richesse de la faune qui trouve refuge dans les forêts de l'archipel des Comores. Le mont Karthala (2 361 m), un volcan extrêmement actif qui domine la plus grande des quatre îles, Ngazidja, entre en éruption tous les 10 à 20 ans. En raison de la diversité des climats que connaissent ces îles, il existe un certain nombre de microhabitats distincts abritant de nombreuses espèces endémiques, dont quatre espèces d'oiseaux strictement endémiques : la chouette cormoro, le moucherolle de Grande Comore, le drongo de Grande Comore et l'œil blanc du mont Karthala.

L'écorégion couvre les îles Comores, situées à environ 300 km du nord de Madagascar et à environ 300 km du continent de l'Afrique de l'Est. ^{Les îles de Ngazidja (1 146 km 2), Mwali (211 km 2) et Nzwani (424 km 2) constituent la République fédérale islamique des Comores, et Mayotte (374 km 2) est une dépendance française.}

Les îles Comores ont un climat tropical maritime. La saison des pluies s'étend de novembre à avril, lorsque les vents du nord prédominants au large de l'océan Indien apportent de l'air chaud et humide à la région (25 °C en moyenne). De mai à septembre, les vents du sud dominent la région, apportant un air plus frais (environ 18 °C) et un air plus sec. Les zones centrales et plus élevées des îles sont plus fraîches et plus humides, recevant plus de 5 000 mm par an sur certaines hautes terres, que les régions côtières, les zones côtières les plus sèches recevant environ 1 000 mm de pluie par an.

Le sol est constitué de latérite, riche en minéraux mais très pauvre en humus, et est sujet à une érosion extrême. Les forêts semi-décidues couvraient autrefois les basses terres des îles Comores, tandis que des forêts humides sempervirentes de montagne se trouvent à plus de 800 m d'altitude, avec des espèces végétales dominantes telles que Ocotea comoriensis, Khaya comorensis et Chrysophyllum biovinianum. Les espèces végétales sont également représentées par de grandes familles, notamment les sapotacées, les ébénacées, les rubiacées, les myrtacées, les clusiacées, les lauracées, les burseracées, les euphorbiacées, les sterculiacées, les sporacées et les celastracées.

Ces îles présentent une grande diversité de flore et un taux d'endémisme élevé : sur les quelque 1 000 espèces de plantes indigènes, 30 pour cent sont endémiques des Comores, y compris le palmier en voie de disparition, Ravenea hildebrandtii. La plupart des flores ont des affinités avec celles d'Afrique et de Madagascar. Il existe également de nombreuses espèces de plantes introduites.

Presque toutes les espèces d'avifaune endémiques se trouvent dans les zones forestières ou les landes montagnardes. Trois espèces d'oiseaux sont menacées d'extinction : le drongo de Mayotte, la chouette d'Anjouan et la chouette de Mohéli. Parmi les mammifères indigènes présents sur ces îles, deux espèces de chauves-souris frugivores sont strictement endémiques, notamment la chauve-souris frugivore de Livingstone, endémique de Ndzuani et de Mwali. Parmi les autres mammifères, citons le lémur mangouste, introduit de Madagascar. Les neuf reptiles endémiques comprennent le caméléon flapnose des Comores, le gecko diurne des Comores, le scinque aux yeux de serpent, le couleuvre des Comores et le caméléon de Mayotte.

Dans le passé, la plupart de ces îles étaient couvertes de forêts, mais il ne reste plus que peu de forêts intactes à Ndzuani et à Mayotte et une grande partie de la forêt restante à Mwali et Ngazidja est gravement dégradée, sauf en haute altitude où le terrain est accidenté ou improductif. Bien que des progrès considérables aient été réalisés pour créer des lois de conservation aux Comores, aucune des zones forestières restantes n'est efficacement protégée. Les zones protégées comprennent le massif du Mont Ntringui et la péninsule de Bimbi à Ndzuani, les Pointes et Plages de Saziley et Charifou à Mayotte et le lac Dziani Boudouni, un site de zones humides Ramsar. Plus récemment, le parc marin de Coelacanth a été créé à l'extrémité sud de Ngazidja.

Une grande partie de la végétation naturelle a déjà été détruite et le défrichement des terres agricoles se poursuit. L'exploitation de la faune comprend le braconnage de tortues de mer vertes destinées à la consommation locale et la collecte de geckos diurnes pour le commerce des animaux de compagnie. Actuellement, le renard volant des Seychelles est consommé occasionnellement par certains groupes ethniques, mais pas tous, tandis que la chauve-souris frugivore Livingstone est moins consommée en raison de sa rareté et de sa menace réduite pour les cultures. Cependant, à mesure que les ressources alimentaires se raréfient en raison de l'augmentation de la population, les tabous locaux interdisant de manger des chauves-souris pourraient disparaître.

La biodiversité des îles souffre également de l'introduction d'espèces végétales et animales, notamment la petite mangouste indienne, la civette indienne, les chats domestiques sauvages et les rats, qui peuvent avoir de graves effets sur les populations d'oiseaux. Les plantes exotiques introduites, par exemple le Lantana camara, surpassent les espèces végétales indigènes ou ont de graves répercussions sur celles-ci. Les cyclones provoquent des vents violents qui peuvent affecter les populations de chauves-souris frugivores, faire tomber des arbres et provoquer des glissements de terrain. Ces effets sont exacerbés par la déforestation et l'exploitation forestière qui ouvrent les zones forestières et augmentent leur exposition au vent. La déforestation entraîne également une érosion accrue de la couche arable et l'ensablement des écosystèmes récifaux.

Les actions de conservation prioritaires pour la prochaine décennie seront les suivantes : 1) établir des zones protégées pour conserver les habitats essentiels, par exemple les sites de repos des chauves-souris frugivores de Livingstone ; 2) promouvoir des pratiques agricoles durables afin de réduire l'impact de la déforestation ; et 3) développer des programmes de reboisement et de gestion de l'eau.