À l'origine, Anjouan était recouverte de forêts. Il ne reste actuellement que quelques vestiges situés sur les pentes abruptes et inaccessibles. Les forêts résiduelles d'Anjouan, dont celles du mont Ntringui, présentent un grand intérêt en termes de biodiversité puisqu'elles abritent des espèces endémiques et menacées d'extinction. On y trouve une grande richesse d'orchidées et de sélaginelles, ainsi que la présence de fougères arborescentes et de bruyères arborescentes de Philippia. En particulier, deux espèces de chauves-souris géantes sont endémiques des Comores : la chauve-souris frugivore de Livingstone, Pteropus livingstonii, et Pteropus seychellensis var. comorensis, le Founingo des Comores ou le pigeon bleu (Alectroenas sganzini), plusieurs espèces d'oiseaux, de poissons et de reptiles. Le lémur mongoz (Eulemur mongoz), bien que rare à Madagascar, est une espèce très répandue à Anjouan. Le lac Dzialandze, au centre d'Anjouan et au sommet des crêtes montagneuses, est le plus grand lac de l'île. Le lac et ses environs constituent un habitat pour les grèbes, les poissons d'eau douce et plusieurs autres espèces forestières. Jusqu'à présent, ces sites ont été préservés en raison de leur accessibilité réduite. Ils sont actuellement soumis à la pression de la déforestation et de l'expansion des terres agricoles et de pâturage, du manque de gestion, de la recherche de bois précieux et de l'introduction d'espèces exotiques. Jusqu'à présent, ces sites ont été préservés en raison de leur accessibilité réduite. Ils sont actuellement soumis à la pression de la déforestation et de l'expansion des terres agricoles et de pâturage, du manque de gestion, de la recherche de bois précieux et de l'introduction d'espèces exotiques. Jusqu'à présent, ces sites ont été préservés en raison de leur accessibilité réduite. Ils sont actuellement soumis à la pression de la déforestation et de l'expansion des terres agricoles et de pâturage, du manque de gestion, de la recherche de bois précieux et de l'introduction d'espèces exotiques.